Xərçəng hüceyrəsinin tibbi cəhətdən dəqiq təsvir edilmiş 3D təsviri (singlecellVR istifadə edərək görülənləri təmsil etmir). Şəkil: SciePro/Shutterstock

Alimlər qrupu, qiyməti 10 dollardan aşağı olan qulaqlıqdan istifadə edərək hər kəsə bir hüceyrəli verilənlər bazası ilə əlaqə saxlamağa imkan verən pulsuz, açıq girişli VR proqramı hazırlayıb. VR-də bir hüceyrəli məlumat vizualizasiyasına baxmaq üçün istifadə edilən əvvəlki alətlər ən bahalı avadanlıqla məhdudlaşır, qiyməti 2500 dollardan yuxarıdır. Komandanın tapıntıları Frontiers in Genetics jurnalında dərc olunub.

Çox vaxt xüsusi oyunçular üçün bahalı avadanlıqla məhdudlaşdığı düşünülsə də, virtual reallıq (VR) son illərdə Google Cardboard kimi giriş səviyyəli aparatlarla 10 dollardan aşağı qiymətə daha sərfəli olmuşdur. Bu qulaqlıq ilə smartfonu olan hər kəs öz cihazını qulaqlığa yerləşdirə və onun böyük ekranı vasitəsilə VR məzmununa baxa bilər.

Giriş maneəsi indi xeyli azaldıqca, elm adamları və mühəndislər VR-ni kütlələrə çatdırmağın yollarını tapmağa çalışırlar və potensial olaraq ondan sıçrayışlı kəşflərin kilidini açmaq üçün istifadə edirlər. ABŞ-ın bəzi ən yaxşı tibb mərkəzləri və institutlarından olan belə bir qrup tədqiqatçı indi Frontiers in Genetics- də hər kəsə tək hüceyrəli məlumat dəstlərini tədqiq etməyə imkan verən ” singlecellVR ” adlı yaratdıqları VR alətini sənədləşdirən bir məqalə dərc etdi.

Massaçusets Ümumi Xəstəxanasının və Harvard Tibb Məktəbinin dosenti, həmçinin məqalənin müvafiq müəllifi Dr Luca Pinello konsepsiyanı ilk olaraq 2019-cu ildə həmkarları David Stein, Dr Huidong Chen və Mike Vinyard ilə birlikdə hakatonda təqdim etdi. Tədbirdə həmyaşıdlarının böyük diqqətini qazandıqdan sonra onlar işləyən prototip hazırlamaq qərarına gəliblər. Daha sonra Pinello laboratoriyasında Dr Qian Qin və başqalarının köməyi ilə yeni funksiyalar əlavə edildi .

►  Orijinal məqaləni oxuyun ►  Orijinal məqaləni yükləyin (pdf)

“Əyləncəli və interaktiv şəkildə” yeni şeylər öyrənmək

“Mən inanıram ki, VR və genişlənmiş reallıq (AR) texnologiyaları tətbiq oluna bildikləri məkanlar baxımından, xüsusən də elmlərdə yeni başlayır” dedi Pinello. “Ümid edirəm ki, geniş ictimaiyyət yeni VR/AR texnologiyalarının reallıqla qarşılıqlı əlaqədə olmaq, bioloji məlumatları araşdırmaq və ya sadəcə əyləncəli və interaktiv şəkildə yeni şeylər öyrənmək üçün bizə təqdim etdiyi yeni imkanları qiymətləndirə bilər”.

Pulsuz, açıq girişli veb proqramı hər kəsə VR-də tək hüceyrəli analizləri asanlıqla vizuallaşdırmağa imkan verir və istifadəçidən heç bir qabaqcıl texniki bacarıq tələb etmir. Tək hüceyrəli analizlər hüceyrə populyasiyaları daxilində heterojenliyi modelləşdirmək qabiliyyətimizi dəyişdirdi və daha böyük hüceyrə populyasiyasında fərdi hüceyrələrin funksiyasını və davranışını müəyyən etməyə kömək etdi.

Bu məlumatlara çıxış əldə etmək və hansı hüceyrə vəziyyətlərinin və genlərinin mövcud olduğunu bilmək elm adamlarına, məsələn, müxtəlif xərçənglərin insan orqanizmində necə yayıldığını daha yaxşı başa düşməyə kömək etmək üçün çox vacibdir.

VR-də bir hüceyrəli məlumat vizualizasiyasına baxmaq üçün istifadə edilən əvvəlki alətlər ən bahalı avadanlıqla məhdudlaşır, qiyməti 2500 dollardan yuxarıdır. Bununla belə, singlecellVR istifadəçilərə əvvəlcədən hesablanmış məlumatlarını birbaşa olaraq Scanpy, Seurat, PAGA, STREAM, scVelo və EpiScanpy daxil olmaqla ən çox istifadə edilən təkhüceyrəli analiz alətlərindən vizuallaşdırmağa imkan verməklə VR-də əvvəlki irəliləyişlər üzərində qurulub.

https://platform.twitter.com/embed/Tweet.html?dnt=false&embedId=twitter-widget-0&features=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%3D%3D&frame=false&hideCard=false&hideThread=false&id=1289171406127652865&lang=en&origin=https%3A%2F%2Fwww.frontiersin.org%2Fnews%2F2021%2F10%2F28%2Fsingle-cell-vr-cheap-headset-open-science&sessionId=c735f2b93c7fe5a1c469e33e1bae4edf3b8dca3f&theme=light&widgetsVersion=2615f7e52b7e0%3A1702314776716&width=550px

Onu necə əldə etmək olar

“Biz bu alətlərdən əldə edilən məlumatların çevrilməsini sadələşdirmişik ki, bu da istifadəçilərə əvvəlcədən işlənmiş və VR vizuallaşdırılması üçün əlçatan olan əsas tədqiqatlardan əldə edilən məlumat dəstlərinin artan verilənlər bazasına asanlıqla töhfə verməyə imkan verdi”.

“Nəhayət, bu alətlər qeyri-hesablamalı bioloqlara öz məlumatlarını araşdırmaq və sürətli fərziyyələr irəli sürmək üçün güc verməyə çalışır, əks halda ənənəvi 2D vizualizasiyalardan əldə etmək çətinləşir.” Müəlliflər daha sonra deyirlər ki, alətlər keçmişdə işlənib hazırlanmasına baxmayaraq, hazırda təkhüceyrəli RNT ardıcıllığı sahəsindəki yeniliyi göstərən VR-də tək hüceyrəli məlumatların vizuallaşdırılması üçün nəzərdən keçirilmiş alətlər mövcud deyil.

Smartfona əsaslanan VR qulaqlıqları istifadəçinin öz rəqəmsal mühiti ilə hərəkət edə və əlaqə saxlaya biləcəyi miqdarda məhdud olsa da, Pinello bildirib ki, ucuz Bluetooth klaviaturası və ya nəzarətçisinin əlavə edilməsi (təxminən 20 dollar) daha yaxşı təcrübə üçün şərait yaratmalıdır. 

Cihazda quraşdırma tələb olunmayan singlecellVR veb-saytı istifadəçilərə bir neçə əvvəlcədən yüklənmiş məlumat dəstini araşdırmaq və ya Android və Apple cihazlarında Google Chrome, Safari və Firefox üzərindən VR vizuallaşdırılması üçün öz məlumat dəstlərini yükləməyə imkan verir.

İstifadəçilər öz məlumatlarını singlecellVR-ə yüklədikdən sonra onların 3D formatında məlumatlara birbaşa veb brauzerində baxmaq və araşdırmaq və ya VR qulaqlıqda vizuallaşdırmaq üçün məlumatları tez bir zamanda mobil cihazlarına atmaq imkanı var. Komandanın dediyinə görə, təkhüceyrəli məlumatların vizuallaşdırılmasında ən böyük problemlərdən biri masaüstü kompüterdə yığılmış məlumatların götürülməsi və smartfon vasitəsilə göstərilməsidir.

Bu çətinliyin öhdəsindən gəlmək və VR görünüşü üçün smartfona problemsiz keçidi təmin etmək üçün komandanın veb-saytı istifadəçilərə şəxsi kompüter vasitəsilə yüklənmiş məlumatlara baxmaq üçün telefonlarında VR görünüşünü açmağa imkan verən QR kodunu dinamik şəkildə yaradır.

Google Cardboard VR qulaqlıq. Şəkil: digər /Flickr ( CC BY 2.0 )

Gələcək üçün planlar

Gələcəyə baxaraq, komanda singlecellVR-nin yeni tək hüceyrəli texnologiyalarla (məsələn, multiomika və ya məkan profilinin yaradılması) daha çox tətbiqinin olduğunu görür və singlecellVR-in Facebook-dan Oculus VR qulaqlıqları kimi daha güclü cihazlara dəstəyi genişləndirəcəyini gözləyir (təxminən $300). “Ümid edirəm ki, bu yeni texnologiyaların qəbulu və ya tədqiqi üçün maneəni azaltmaqla, daha çox insan bu məkan haqqında həyəcanlanacaq və biz bioloji məlumatların tədqiqi və təhlilinə yönəlmiş VR tətbiqlərini inkişaf etdirməkdə maraqlı bir cəmiyyət yaradacağıq” dedi Pinello .