Konnektikut Kolleci tərəfindən

redaktə edən: Gaby Clark , rəy verən: Robert Egan

 Redaktorların qeydləri

 GIST

Tercih edilən mənbə kimi əlavə edin

Bu qrafik, təkrarlana bilən və müqayisə edilə bilən protein tədqiqatlarını dəstəkləmək üçün geniş istifadə olunan istinad zülallarını ortaq etalonlar və hesabat standartları ilə birləşdirən təklif olunan model protein sistemini təsvir edir. Müəllif: Marc Zimmer

Konnektikut Kollecinin kimyaçısı Mark Zimmerin yeni bir Perspektivə görə, zülal alimləri kiçik, ortaq bir “model zülallar” dəsti ətrafında birləşərək sahə üzrə təkrar istehsal qabiliyyətini və koordinasiyanı yaxşılaşdıra bilərlər.

Məqalə “Zülal Mühəndisliyi, Dizayn və Seçim” jurnalının 40 illik yubiley sayında dərc olunub . Zimmer iddia edir ki, zülal elmi meyvə milçəkləri, siçanlar, maya və C. elegans kimi model orqanizmlərdən istifadə edərək tədqiqatları dəyişdirən çərçivəyə bənzər bir çərçivə qəbul etməyə hazırdır.

Zimmer qeyd edir ki, bu orqanizmlər təkcə biologiyalarının qorunub saxlanılması səbəbindən deyil, həm də elmi icmaların onların ətrafında koordinasiya etməsi səbəbindən güclü tədqiqat vasitələrinə çevrilib. Ortaq protokollar, verilənlər bazaları və etalonlar nəticələrin müqayisəsini, çoxaldılmasını və üzərində qurulmasını asanlaşdırıb.

Zimmerin model zülallar üçün təklifi

Zimmer bu məntiqi molekulyar miqyasa qədər genişləndirməyi təklif edir. Onun çərçivəsi, alt sahələrdə qeyri-rəsmi standartlar kimi xidmət edən kiçik bir “model zülallar” qrupunun rəsmi olaraq müəyyən edilməsini, sonra isə onları ortaq etalonlar, seçilmiş istinad məlumat dəstləri və minimal hesabat tələbləri ilə birləşdirməyi tələb edir.

Zimmerin sözlərinə görə, zülal tədqiqatçıları tez-tez fərqli eksperimental fərziyyələrə və ya ölçmələrə əsaslanan tədqiqatları uzlaşdırmaqda çətinlik çəkirlər. Model zülal sistemi sahəyə ortaq istinad nöqtələri verməklə bu sürtünməni azaldacaq.

“The Perspective” jurnalında geniş istifadə olunan beş zülaldan başlamağı təklif edirlər: yaşıl flüoresan zülal (GFP), lizozim, hemoglobin və mioqlobin, RNase A və bakteriorhodopsin. Zimmer siyahını sabit bir kanon deyil, praktik başlanğıc nöqtəsi kimi təsvir edir. Bu kanon cəmiyyətin meyarları müzakirə etdikcə və standartlaşdırmanın ən faydalı olduğu yerləri müəyyən etdikcə inkişaf edə bilər.

Paylaşılan protein standartlarının faydaları

GFP, model zülalın praktikada necə fəaliyyət göstərə biləcəyinə dair aydın bir nümunə təqdim edir. Zülal düzgün qatlandıqda flüoresanlaşır və orqanizmlər arasında birbaşa və kəmiyyət göstəricisi təmin edir. Onun strukturu sistemlər arasında sabit qalır və onilliklər ərzində ortaq alətlər – o cümlədən mühəndislik variantları, parlaqlıq etalonları, plazmid kitabxanaları və ictimai məlumat dəstləri – tədqiqatçılara nəticələri laboratoriyalar arasında müqayisə etməyə imkan verir.

Zimmer həmçinin süni intellektin zülal tədqiqatlarında artan roluna da diqqət çəkir. Floresan zülalları maşın öyrənmə modelləri üçün ümumi etalon halına gəlmişdir, çünki floresan dizayn edilmiş bir zülalın işləyib-işləmədiyinin aydın göstəricisini təmin edir. Zimmer iddia edir ki, bu alətlər inkişaf etdikcə nəticələrin müqayisə edilə bilən və təkrar istifadə edilə bilən olmasını təmin etmək üçün ortaq standartlar vacib olacaq.

İcma reaksiyası və növbəti addımlar

Nobel mükafatı laureatı Martin Çalfi, GFP-nin təməl tədqiqat vasitəsi kimi qurulmasına kömək etmiş, koordinasiyanın formal etiketlərdən daha çox əhəmiyyət kəsb etdiyini vurğulamışdır.

Çalfi dedi: “Mark Zimmerin ünvanladığı sual, oxşar zülalları öyrənən icmaların birlikdə işləməklə necə faydalana biləcəyidir”.

“Nature Biomedical Engineering” jurnalının baş redaktoru, fəlsəfə doktoru Rita Strack təklifi gecikmiş adlandırdı və bunun müqayisə, təkrar istehsal və icma miqyasında resurs paylaşımını gücləndirə biləcəyini söylədi.

Zimmerin təklifinə fənlərarası idarəetmə qrupunun çağırılması, model zülallar üçün meyarların müəyyən edilməsi, minimal hesabat yoxlama siyahılarının yaradılması və qızıl standartlı istinad məlumat dəstlərinin hazırlanması daxildir. O bildirib ki, məqsəd uyğunsuz təcrübələr arasında tərcüməyə daha az vaxt sərf etmək və ortaq iş üzərində daha çox vaxt qurmaqdır.

Nəşr detalları

Mark Zimmer, Nümunə olaraq GFP ilə rəsmi model protein sisteminə doğru, Zülal Mühəndisliyi, Dizayn və Seçim (2026). DOI: 10.1093/protein/gzaf014

Jurnal məlumatları: Təbiət Biotibbi Mühəndisliyi 

Konnektikut Kolleci tərəfindən təmin edilir