Vanderbilt Universiteti Tibb Mərkəzi və Virciniya Universitetinin müstəntiqlərinin birgə rəhbərlik etdiyi tədqiqat qrupu DNT metilasiyası ilə xərçəng riski arasında əlaqəni müəyyən edib. DNT metilasiyası epigenetik bir dəyişiklikdir – DNT-yə “metil qruplarının” əlavə edilməsi – DNT ardıcıllığını dəyişdirmədən gen ifadəsinə təsir göstərə bilər. Ən çox DNT metilasiyası genomdakı CpG sahələrində baş verir.

Nature Communications jurnalında dərc olunan yeni araşdırma yeddi müxtəlif xərçəng növü riski ilə əlaqəli 4248 CpG saytını müəyyən edir: döş, kolorektal, böyrək hüceyrəsi, ağciyər, yumurtalıq, prostat və testis mikrob hüceyrəsi xərçəngləri.

“Tapıntılar xərçəng etiologiyasında genetika, epigenetika və gen ifadəsi arasındakı qarşılıqlı əlaqə haqqında anlayışımızı əhəmiyyətli dərəcədə inkişaf etdirir ” dedi Qiuyin Cai, MD, Ph.D., Ph.D. Jirong Long ilə yeni tədqiqatın həmmüəllifi, və Yaohua Yang, Ph.D. Cai və Long VUMC-də Epidemiologiya Bölməsində Tibb professorudur; Yang Virciniya Universitetində İctimai Səhiyyə Elmləri üzrə dosentdir.

Genom-geniş assosiasiya tədqiqatları (GWAS) xərçəng riski ilə əlaqəli 1000-dən çox ümumi genetik variantı (DNT ardıcıllığında dəyişikliklər) müəyyən etsə də , bu variantlardan çoxu genomun zülalları kodlaşdırmayan bölgələrindədir. Bu, bu genetik variantların hədəf genlərini müəyyən etmək və onların hüceyrə funksiyasına necə təsir etdiyini və xərçəngin inkişafına necə töhfə verdiyini araşdırmaq üçün problem yaradır.

Cai, Long və onların həmkarları əvvəllər xərçəng riski ilə əlaqəli qan nümunələrində DNT metilasiya səviyyələrini müəyyən etdilər . İndi onlar tədqiqatlarını xərçənglə əlaqəli toxumalara genişləndirirlər.

Normal toxumalarda DNT metilasiyası məlumatlarından və Genotype-Tissue Expression konsorsiumundan xərçəngsiz donorların qoşalaşmış genetik məlumatlarından istifadə edərək, yeddi toxuma üçün genom üzrə CpG sahələrində DNT metilasiya səviyyələrini proqnozlaşdırmaq üçün genetik modellər hazırlayıblar.

Müstəntiqlər daha sonra genetik olaraq proqnozlaşdırılan DNT metilasiya səviyyələri ilə xərçəng riski arasında əlaqəni müəyyən etmək üçün yeddi toxuma növünün xərçəngləri üçün müvafiq GWAS məlumatlarına öz proqnoz modellərini tətbiq etdilər.

Xərçəng riski ilə əlaqəli 4248 CpG saytının 95%-i müəyyən bir xərçəng növünə xas idi.

Xərçənglə əlaqəli CpG saytları üçün tədqiqatçılar DNT metilomik, transkriptomik, genomik və xərçəng GWAS məlumatlarının inteqrativ “çox omik” analizlərini apardılar ki, DNT metilasiya səviyyələri yaxınlıqdakı genlərin ifadəsini modulyasiya edərək xərçəng riskinə təsir göstərib.

Bu tədqiqatlar 309 fərqli CpG yerində DNT metilasiya səviyyələrinin 205 unikal genin ifadəsini tənzimləməklə xərçəng riskinə təsir göstərə biləcəyini ortaya qoydu.

“Bizim tapıntılarımız multi-omik inteqrasiyanın effektivliyini vurğulayır və xərçəngin inkişafında genetika və epigenetikanın kritik rolu haqqında anlayışımızı gücləndirir” dedi Long.

Daha çox məlumat: Yaohua Yang və digərləri, Xərçəng riski üçün toxumaya xüsusi DNT metilasiya biomarkerlərini müəyyən etmək üçün muti-omik məlumatların inteqrasiyası, Nature Communications (2024). DOI: 10.1038/s41467-024-50404-y

Jurnal məlumatı: Nature Communications Vanderbilt Universiteti tərəfindən təmin edilmişdir