Justin Jackson tərəfindən , Phys.org

Sadie Harley tərəfindən redaktə edilmiş , Robert Eqan tərəfindən nəzərdən keçirilmişdir

 Redaktorların qeydləriKredit: Pixabay/CC0 Public Domain

Torontodakı Xəstə Uşaqlar üçün Xəstəxananın tədqiqatçıları bildirirlər ki, hədəflənmiş RNT ardıcıllığı şişlərin 87%-də klinik cəhətdən təsirli dəyişiklikləri aşkar edə bilər və DNT seqinin uğursuz olduğu, heç bir variantı qaytarmadığı və ya məlumatlandırıcı olmadığı hallarda həlledici nəticələr verə bilər.

https://googleads.g.doubleclick.net/pagead/ads?gdpr=0&us_privacy=1—&gpp_sid=-1&client=ca-pub-0536483524803400&output=html&h=280&slotname=7587637799&adk=1434173251&adf=4198688998&pi=t.ma~as.7587637799&w=750&abgtt=6&fwrn=4&fwrnh=0&lmt=1753853019&rafmt=1&armr=3&format=750×280&url=https%3A%2F%2Fmedicalxpress.com%2Fnews%2F2025-07-rna-seq-outperforms-dna-methods.html&fwr=0&rpe=1&resp_fmts=3&wgl=1&uach=WyJXaW5kb3dzIiwiMTkuMC4wIiwieDg2IiwiIiwiMTM4LjAuNzIwNC4xNjkiLG51bGwsMCxudWxsLCI2NCIsW1siTm90KUE7QnJhbmQiLCI4LjAuMC4wIl0sWyJDaHJvbWl1bSIsIjEzOC4wLjcyMDQuMTY5Il0sWyJHb29nbGUgQ2hyb21lIiwiMTM4LjAuNzIwNC4xNjkiXV0sMF0.&dt=1753853018832&bpp=1&bdt=109&idt=120&shv=r20250728&mjsv=m202507220101&ptt=9&saldr=aa&abxe=1&cookie=ID%3De77740426f8da9bc%3AT%3D1735295852%3ART%3D1752222557%3AS%3DALNI_MbHbvhLj3WydQ3lYshQhNgDg8E9nQ&gpic=UID%3D00000f80ad9e2337%3AT%3D1735295852%3ART%3D1752222557%3AS%3DALNI_MYM9zSDwUrvOLsQ-H1E20L0IjGeMw&eo_id_str=ID%3Df152d1a4517561f1%3AT%3D1751526315%3ART%3D1752222557%3AS%3DAA-AfjYXsAMYxawkCSjU_EMOR4gg&prev_fmts=0x0&nras=1&correlator=7702142436576&frm=20&pv=1&rplot=4&u_tz=240&u_his=1&u_h=1080&u_w=1920&u_ah=1032&u_aw=1920&u_cd=24&u_sd=1&dmc=8&adx=448&ady=1099&biw=1905&bih=945&scr_x=0&scr_y=0&eid=31093672%2C95362656%2C95366913%2C42533293%2C95366846%2C95359265%2C95367170%2C31093116&oid=2&pvsid=3149063129995727&tmod=1935270137&uas=0&nvt=1&ref=https%3A%2F%2Fphys.org%2F&fc=1920&brdim=0%2C0%2C0%2C0%2C1920%2C0%2C1920%2C1032%2C1920%2C945&vis=2&rsz=%7C%7CpeEbr%7C&abl=CS&pfx=0&fu=128&bc=31&bz=1&td=1&tdf=2&psd=W251bGwsbnVsbCxudWxsLDNd&nt=1&ifi=2&uci=a!2&btvi=1&fsb=1&dtd=316

Xərçəngin müalicəsi, qismən yüksək spesifik hədəfləmə və diaqnostika üsulları sayəsində son illərdə böyük irəliləyişlər gördü .

DNT əsaslı üsullar molekulyar xərçəng diaqnostikasında üstünlük təşkil edir, lakin gen birləşmələrini aşkar etmək və birləşmə yerinin nəticələrini qiymətləndirmək üçün mübarizə aparır. RNT ardıcıllığı həssas birləşmə aşkarlanmasına və splicing mutasiyalarının səbəb olduğu transkript səviyyəsində pozulmaların birbaşa qiymətləndirilməsinə imkan verir.

Təbiət Təbabətində nəşr olunan “Xərçəng molekulyar diaqnostikasında hədəflənmiş RNT ardıcıllığının klinik faydası” adlı araşdırmada tədqiqatçılar mərkəzi sinir sistemi , bərk və hematopoetik xərçənglər üzrə 2310 şişi qiymətləndirmək üçün hədəflənmiş RNT-seq analizini həyata keçirdilər .

Təhlil üçün təqdim edilən 2310 şişdən 110-u (4,8%) keyfiyyətə nəzarətdən keçə bilmədi . Keyfiyyət hədlərinə cavab verən nümunələr arasında ardıcıllıq 99,6% uğurlu olmuşdur.

Onkogen variantlar şişlərin 74% -də müəyyən edildi, əlavə 13% müvafiq neqativlər kimi təsnif edildi – ümumi klinik faydalılığı 87% -ə çatdırdı.

Müsbət hallar arasında 40% tək nukleotid variantları (SNVs) və ya indellər, 32% birləşmələr, 2,5% digər struktur variantları və 5% birdən çox sinif göstərdi. Füzyonlar uşaqlarda 1,8 dəfə, SNV isə böyüklərdə 1,6 dəfə çox idi.

https://googleads.g.doubleclick.net/pagead/ads?gdpr=0&us_privacy=1—&gpp_sid=-1&client=ca-pub-0536483524803400&output=html&h=280&slotname=7099578867&adk=1328126233&adf=1100001614&pi=t.ma~as.7099578867&w=750&abgtt=6&fwrn=4&fwrnh=0&lmt=1753853041&rafmt=1&armr=3&format=750×280&url=https%3A%2F%2Fmedicalxpress.com%2Fnews%2F2025-07-rna-seq-outperforms-dna-methods.html&fwr=0&rpe=1&resp_fmts=3&wgl=1&uach=WyJXaW5kb3dzIiwiMTkuMC4wIiwieDg2IiwiIiwiMTM4LjAuNzIwNC4xNjkiLG51bGwsMCxudWxsLCI2NCIsW1siTm90KUE7QnJhbmQiLCI4LjAuMC4wIl0sWyJDaHJvbWl1bSIsIjEzOC4wLjcyMDQuMTY5Il0sWyJHb29nbGUgQ2hyb21lIiwiMTM4LjAuNzIwNC4xNjkiXV0sMF0.&dt=1753853018831&bpp=1&bdt=107&idt=141&shv=r20250728&mjsv=m202507220101&ptt=9&saldr=aa&abxe=1&cookie=ID%3De77740426f8da9bc%3AT%3D1735295852%3ART%3D1752222557%3AS%3DALNI_MbHbvhLj3WydQ3lYshQhNgDg8E9nQ&gpic=UID%3D00000f80ad9e2337%3AT%3D1735295852%3ART%3D1752222557%3AS%3DALNI_MYM9zSDwUrvOLsQ-H1E20L0IjGeMw&eo_id_str=ID%3Df152d1a4517561f1%3AT%3D1751526315%3ART%3D1752222557%3AS%3DAA-AfjYXsAMYxawkCSjU_EMOR4gg&prev_fmts=0x0%2C750x280%2C336x280%2C1905x945&nras=2&correlator=7702142436576&frm=20&pv=1&rplot=4&u_tz=240&u_his=1&u_h=1080&u_w=1920&u_ah=1032&u_aw=1920&u_cd=24&u_sd=1&dmc=8&adx=448&ady=2142&biw=1905&bih=945&scr_x=0&scr_y=0&eid=31093672%2C95362656%2C95366913%2C42533293%2C95366846%2C95359265%2C95367170%2C31093116&oid=2&pvsid=3149063129995727&tmod=1935270137&uas=0&nvt=1&ref=https%3A%2F%2Fphys.org%2F&fc=1920&brdim=0%2C0%2C0%2C0%2C1920%2C0%2C1920%2C1032%2C1920%2C945&vis=1&rsz=%7C%7CpeEbr%7C&abl=CS&pfx=0&fu=128&bc=31&bz=1&td=1&tdf=2&psd=W251bGwsbnVsbCxudWxsLDNd&nt=1&ifi=3&uci=a!3&btvi=2&fsb=1&dtd=23026

Uyğun DNT ardıcıllığına malik 103 nümunə arasında RNT-seq onkogen variantların 93,3%-ni aşkar etdi. RNT seq və DNT seq arasında variant allel tezlikləri güclü korrelyasiya göstərdi.

Diaqnostik məqsədlə ardıcıl sıralanan şişlər arasında 37-si qiymətləndirilə bilən halların 1,9%-ni təşkil edən yeni diaqnozlar alıb. Əlavə 11 şiş diaqnostik dəyişikliklərin mövcudluğu və ya olmaması əsasında yenidən təsnifləşdirilib və ümumi sayı 48 yenidən işlənmiş diaqnoza çatdırılıb.

Yenidən işlənmiş 48 diaqnozdan 30-u mərkəzi sinir sisteminin şişləri təşkil edib. 13 halda RNT seq ependimomanı glioma, astroblastoma və ya paraqanglioma kimi təsnifləşdirdi. Yeddi aşağı dərəcəli glioma, H3K27M mutasiyalarının identifikasiyası əsasında H3 K27 dəyişdirilmiş diffuz orta xətt qlioma kimi yenidən diaqnoz qoyuldu.

Beş bərk şiş , ilkin olaraq metastatik Wilms şişi kimi diaqnoz qoyulmuş, BCOR daxili tandem duplikasiyasının aşkarlanmasından sonra böyrəyin şəffaf hüceyrə sarkoması kimi yenidən müəyyən edilmiş biri də daxil olmaqla yenidən təsnif edildi. Əvvəllər mənfi birləşmə nəticələri ilə sınaqdan keçirilmiş başqa bir hal, RNT-seq kanonik COL1A1::PDGFB birləşməsini müəyyən etdikdən sonra dermatofibrosarkoma protuberanlarına yenidən baxıldı.

Səkkiz şiş yeni dəyişikliyin aşkarlanması ilə deyil, gözlənilən diaqnostik xüsusiyyətləri istisna etməklə yenidən təsnif edildi. Hər bir halda, RNT-seq histoloji diaqnozun müəyyənedici molekulyar markerlərini istisna etdi və şiş təsnifatının yenidən qiymətləndirilməsinə səbəb oldu.

Ümumilikdə, məqsədyönlü terapiya üçün nəzərdə tutulan 104 xəstədən 94-ü RNT-seq nəticələrinə əsasən müalicə alıb. MAPK yolunun inhibitorları, tirozin kinaz inhibitorları və immun nəzarət nöqtəsi terapiyaları ən çox istifadə edilmişdir.

Təkcə füzyonlar füzyonla idarə olunan şişlərin 86%-də onkogenezi izah etdi, onların bir çoxunda əlavə dəyişikliklər olmadı. RNT-seq bütün şiş növləri və toxuma formatları, o cümlədən deqradasiya olunmuş FFPE nümunələri üzrə uğur qazandı.

Tədqiqatçılar belə nəticəyə gəlirlər ki, hədəflənmiş RNT seq yüksək məhsuldarlığı, minimum dəyəri və geniş klinik tətbiqi ilə müstəqil molekulyar diaqnostika kimi xidmət edə bilər.

Müəllifimiz Justin Jackson tərəfindən sizin üçün yazılmış , Sadie Harley tərəfindən redaktə edilmiş və Robert Eqan tərəfindən yoxlanılmış və nəzərdən keçirilmiş bu məqalə diqqətli insan əməyinin nəticəsidir. Müstəqil elmi jurnalistikanı yaşatmaq üçün sizin kimi oxuculara güvənirik. Bu hesabat sizin üçün əhəmiyyət kəsb edirsə, lütfən, ianə (xüsusilə aylıq) nəzərdən keçirin. Siz təşəkkür olaraq reklamsız hesab əldə edəcəksiniz .

Daha çox məlumat: Robert Siddaway və digərləri, Xərçəng molekulyar diaqnostikasında hədəflənmiş RNT ardıcıllığının klinik faydası, Təbiət Medicine (2025). DOI: 10.1038/s41591-025-03848-8

Jurnal məlumatı: Nature Medicine 

© 2025 Science X Network