Katalitik biohissələr xüsusi metabolik yollar üçün bioloji sistemlərin dizaynı, qurulması və optimallaşdırılması üçün əsasdır. Çin Elmlər Akademiyasının (CAS) tədqiqat qrupu bu yaxınlarda Sintetik Biologiya üçün Biohissələrin Reyestrini və Verilənlər Bazasını (RDBSB) hazırlayıb.

Tədqiqat Nucleic Acids Research jurnalında dərc olunub .

Təcrübə sübutu ilə 83,193 katalitik biohissədən ibarət olan bu verilənlər bazası sintetik biologiyada katalitik biohissələr üçün ilk hərtərəfli resurs olmaq üçün nəzərdə tutulmuş və hazırlanmışdır .

Bu biohissələrin funksional xarakteristikası məlumatları tez-tez bir çox verilənlər bazası və ədəbiyyat mənbələri arasında yayılır və xüsusi şassi və ya hüceyrə fabriklərinin effektiv dizaynı və optimallaşdırılması üçün əhəmiyyətli problemlər yaradır.

Bio-Med Big Data Mərkəzinin, CAS-ın Şanxay Qidalanma və Sağlamlıq İnstitutunun (SINH) alimləri və CAS Molekulyar Bitki Elmləri üzrə Mükəmməllik Mərkəzindən onların əməkdaşları RDBSB-də müxtəlif verilənlər bazası mənbələrindən 390,708 katalitik biopart, o cümlədən 83,193-ü birləşdirdilər. eksperimental olaraq təsdiq edilmişdir. Bunlardan 3200 eksperimental olaraq təsdiqlənmiş katalitik biohissələrə optimal temperatur, optimal pH və şassi haqqında seçilmiş məlumatlar daxildir.

RDBSB-də olan 83,193 katalitik biohissə fəaliyyətlər, substratlar, optimal pH və temperatur və şassi spesifikliyi kimi kritik parametrlər daxil olmaqla ətraflı keyfiyyət və kəmiyyət katalitik məlumat təklif edir.

Platformada interaktiv axtarış mühərriki, vizuallaşdırma alətləri və biohissə tapıcı, struktur proqnozu və cığır dizayn alətləri kimi analiz yardımçıları var . O , sürətli məlumat mübadiləsini və istifadəsini asanlaşdırmaq üçün katalitik biohissələrin təqdimetmə sistemi vasitəsilə icmanın iştirakını təşviq edir.

“Əslində, o, indiyə qədər 1000-dən çox katalitik biopartiyanın töhfəsini artıq dəstəkləmişdir” dedi aparıcı alim və bu tədqiqatın müxbir müəllifi professor Zhang Guoqing. “Bu , sintetik biologiyada yolların dizaynı üçün mövcud olan resursları əhəmiyyətli dərəcədə artıracaq və tədqiqatçılar üçün vacib bir vasitə kimi xidmət edəcəkdir.”

Daha çox məlumat: Wan Liu et al, RDBSB: eksperimental sübutlarla katalitik biohissələr üçün verilənlər bazası, Nuklein turşularının tədqiqatı (2024). DOI: 10.1093/nar/gkae844

Jurnal məlumatı: Nuklein turşularının tədqiqatı 

Çin Elmlər Akademiyası tərəfindən təmin edilmişdir